Aunque ya desde 1293, Alcalá contaba con un Estudio General aprobado por el Rey Sancho IV, la Universidad de Alcalá fue fundada por el Regente de España, el Cardenal Cisneros, en 1499 como proyecto educativo absolutamente novedoso. En él se conciliaban los mejores modelos de la tradición de entonces.
El Cardenal Cisneros quiso que esta Universidad, que nacía con la edad Moderna como avanzada en España de las corrientes renacentistas y humanistas de Europa, fuera el crisol donde se educara no sólo el clero regular y secular dispuesto a afrontar la reforma eclesiástica, sino también los nuevos funcionarios competentes que necesitaban los reinos de España. El éxito de aquella empresa hizo que Alcalá se convirtiera en la sede de una aristocracia universitaria que hizo posible nuestro Siglo de Oro.
Durante los siglos XVI y XVII, la Universidad de Alcalá se convirtió en el gran centro de excelencia académica: en sus aulas enseñaron y estudiaron grandes maestros como Nebrija, Tomás de Villanueva, Ginés de Sepúlveda, Ignacio de Loyola, Domingo de Soto, Ambrosio de Morales, Arias Montano, Juan de Mariana, Francisco Valles de Covarrubias, Juan de la Cruz, Lope de Vega, Quevedo, etc. El prestigio de sus estudios, así como de sus maestros, y sus constituciones fundacionales, sirvieron como modelo sobre el que se constituyeron las nuevas Universidades en América.
